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磷元素容易被底泥吸附，故磷是养殖水体中所有藻类的限制因素，蓝藻也不例外。相比其它藻类，蓝藻在磷源充足的水体中具有“疯长”的非常大的优势。这是因为蓝藻属于一种原始的真核生物，它像大豆固氮菌一样，天生就有固定氮源的功能，也就是说蓝藻在繁殖的过程中不需要氮源，只要有磷源就能快速的繁殖；再者蓝藻在进化的过程中为了适应环境变化，产生了一种能使自己漂浮的特殊器官——伪空泡。这种器官能使蓝藻漂浮在水体表层，从而使蓝藻较其它藻类具有优先利用光能的优势，而蓝藻一旦在养殖水体中形成优势，会大量漂浮在水体表层，遮光并优先利用阳光，使其它藻类无法利用光能，无法繁殖，最后整个养殖水体中只有蓝藻。
在春天水温较低，加上养殖户饲料投喂量相对较少，养殖水体输入的营养元素相对夏天较少，蓝藻爆发的概率小。进入夏季，天气晴朗、无风、光线强，养殖户饲料投喂量加大，养殖水体营养输入增多。此时如果养殖池塘中有蓝藻藻种，就会大量繁殖，形成优势种。例如黄河水体严重富营养化，但水体是流动的，所以黄河里基本上没有蓝藻出现，当然在其它流动的河道里，几乎看不到蓝藻，即使有也不会形成优势种。相对静止的水体，如太湖经常有报道蓝藻爆发的新闻。
正常情况下，水源可能会存在蓝藻藻种，如果养殖户采取不进水或者进水后马上培水，用单硅酸培植绿藻、硅藻等繁殖起来，蓝藻消失为止，这样蓝藻就不会大量繁殖，更不会大量暴发。有时养殖户进水，水源里的藻相结构是还可以的，绿藻、硅藻、隐藻等都有且占有优势，蓝藻很少。但进水过程中，池塘内形成水流，池塘底部的一些虫卵被水流冲起而到水体表层，这些虫卵在阳光照射下会很快孵化，纤毛虫、轮虫、枝角类、桡足类孵化以后，在池塘里大量摄食小型藻类，如绿藻、硅藻、隐藻等，蓝藻个体比较大，这些虫体不能摄食。一段时间后水体里会只有虫子和蓝藻，而其它藻类都已不复存在。
养殖池塘里面硅藻的数量占养殖池塘优势种群时，就是好水，但一旦硅藻数量减少，池塘的藻相就出问题了，也就会缺氧了。
单硅酸可以被藻直接吸收，对于养殖水体中藻（绿藻、硅藻）的培养是很有效的，而且硅的含量对硅藻很重要，硅藻的细胞壁主要是由硅元素组成的，如果池塘缺少可以直接利用和吸收的硅元素，硅藻是长不起来的，单硅酸主要的培水原理就在这里，直接补充硅藻直接吸收利用的硅元素促进生长。
单硅酸处理蓝藻不需要再解毒，因为单硅酸本生具有解毒功能，鱼虾蟹池塘都能够正常的使用，阴雨天也可以用，但晴天使用效果更好。
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